Adaptation in the microbiota
We are interested in identifying the genetic basis of bacterial adaptation in host-associated communities. Throughout a single host's life bacterial populations undergo hundreds or thousands of generations, allowing for the evolution of variants that compete against each other. We develop and apply population genomics, metagenomic and computational analysis methods to identify variants, genes and pathways that affect bacterial fitness in various contexts. Our goal is to formulate and test general principles that govern bacterial adaptation
Adaptación en la microbiota
Estamos interesados en identificar la base genética de las adaptaciones de las bacterias que viven asociadas a un hospedero. Durante la vida de un hospedero, las poblaciones bacterianas pueden tener cientos o miles de generaciones, lo que permite la evolución de variantes que compiten entre sí. Desarrollamos y utilizamos métodos de genética de poblaciones, análisis metagenómico y análisis computacional para identificar variantes, genes y funciones que tienen un efecto sobre la adecuación bacteriana en diferentes contextos. Nuestro objetivo es formular y verificar principios generales de la adaptación bacteriana.
Synthetic Ecology
We use reconstructed synthetic communities as models of wild ecological systems. We are interested in testing classical and novel ecological models and hypotheses. We aim to derive rules of bacterial community design to construct novel communities that can be applied to multiple challenges in human health, conservation, industrial processes, etc.
Ecología sintética
Utilizamos comunidades sintéticas bacterianas como modelos de sistemas ecológicos silvestres. Diseñamos experimentos para validar (o negar) modelos e hipótesis de la ecología clásica y contemporánea. Intentamos obtener reglas para el diseño de comunidades sintéticas que puedan tener aplicaciones en salud humana, conservación, procesos industriales, etc.
Pathogen evolution
Human beings, like all other multicellular organisms, are constantly exposed to a wide array of bacteria, but only a handful of them become pathogenic, and an even smaller fraction circulate regularly in the human population. We use comparative genomics of related pathogens and non-pathogens in multiple hosts (i.e. humans, plants, etc) to identify the genomic features that lead to the evolution of pathogenic interactions.
Evolución de patógenos
Los seres humanos, y todos los organismos multicelulares, están continuamente expuestos a una gran variedad de bacterias, pero sólo una minoría resultan patogénicas, y sólo una pequeña proporción de éstas circula regularmente en la población humana. Utilizamos genómica comparativa de patógenos y no-patógenos en múltiples hospederos (i.e. humanos, plantas, etc.) para identificar las características genómicas que permiten la evolución de interacciones patogénicas.